欧盟是世界最大的食品农产品进口地区，近年来成为我国食品农产品的第二大出口市场。欧洲是最早为转基因食品采取标识制度的地区，1997年欧盟发布《新种食物指令》，要求各成员国监管食物销售(特别针对各类转基因或含转基因成份食物)，及实行标识制度。2001年11月28日，欧盟成员国新转基因法规在欧洲议会通过，规定凡含有0.9%以上转基因DNA或蛋白质的农作物或食品在市场销售时，必须带有转基因字样的标签。自2006年9月起，欧盟的警系统已经多次告中国大米被未经批准的转基因Bt63污染。自2008年4月15日以后，中国大米产品在必须凭不含转基因Bt63大米成分的证书才能进入欧盟市场。2011年11月，欧盟27国又一致同意使用最有力的管控系统加强对来自中国大米产品的控制。2010年度我国大米制品因转基因问题共被欧盟通46批，占其2010年食品包装通总量的15.1%，同比增加170.6%，今年1-10月我国大米制品因此问题已被欧盟通26批，占欧盟本年度此类通的55%，食品转基因问题已成为影响我国食品农产品出口的一个重要因素。